Сам Мегатрон зник під час вибуху; його вважали мертвим, але насправді він був лише тяжко поранений. Знайдений у космосі і доставлений на «Немезиду», ватажок десептиконів довго перебував у стазісі, яка мало не стала вічною з вини Старскріма.

Після вибуху Юнікрона він, як вважалося, помер. У наступній частині трилогії, мультсеріалі "Енергон", з'ясовується, що Мегатрон вижив після фінальної битви з Юнікроном – він лише перебував у стазісі і був пробуджений квінтесоном на ім'я Альфа Кью.

Старскрім прилетів на «Немезиду», щоб украсти енергон. Усередині він зіткнувся з двома вехіконами, які охороняли склад, і вступив з ними в словесну суперечку, в якій з'ясувалося, що Мегатрон наказав знищити сікера, якщо той повернеться. Після цього Старскрім убив їх.