До найбільш охоронюваних представників флори відносяться: касатик гладкий, черевик крупнокольоровий, вітрянка байкальська, кістяк алтайський, сверція байкальська, радіола рожева, цибулинна каліпса, неоттіана клобучкова, рапонтикум сафлороподібний.

Фауна Байкальського заповідника Лисиці частіше зустрічаються біля озера Байкал та поблизу річки Темник. У заказнику водиться рись, соболь, видра, східна нірка, ласка та інші представники сімейства куньих. Крім того, на території природного комплексу мешкають олені, косулі та кабани.

У заповіднику зростає понад 1150 видів вищих судинних рослин (за даними на 2021 р.), лісами зайнято близько 70% території. Багато з них рідкісні, ендемічні та реліктові види. До Червоної книги Бурятії (2013) занесено 49 видів та 14 — до Червоної книги РФ.

Основним завданням, покладеним законом на державні природні заповідники, є здійснення охорони природних територій з метою збереження біологічного розмаїття та підтримки в природному стані природних об'єктів, що охороняються.